La historia de Salamanca, como pueblo organizado jurídicamente inicia el Primero de Enero de 1603, cuando el Virrey Don Gaspar de Zúñiga y Acevedo y Quinto conde de Monterrey originario de Salamanca, España, decide apoyar a los españoles y a los hijos de los españoles que se encontraban trabajando las tierras del Bajío debido a que desde los años de 1540 ó 1550 se comenzaron a establecer "Estancias", principalmente de ganado y escasa explotación agrícola, por unos cuantos españoles y colonizadas por grupos pequeños de indios Otomíes.

Las estancias eran grandes extensiones de tierra propiedad exclusivamente de Españoles en las cuales se les permitía vivir a los indígenas que trabajaban para ellos, en labores del campo y cuidado de ganado.

Los españoles radicaban en las enormes casas que posteriormente se llamaron Haciendas, y estaban expuestos a los continuos ataques de los indios Guachichiles, Tarascos y Mexicas, que debido a la colonización española, consideraron el Bajío como una Zona "intermedia" entre sedentarios y nómadas que se congregaban a pesar de sus diferentes idiomas.

En 1602 un grupo de españoles enviaron al Virrey, la petición de que se les autorizara fundar una Villa, cerca del río, junto a la Estancia de Barahona, lejos de las villas ya existentes de Celaya y León.

El Virrey Don Gaspar de Zúñiga y Acevedo, Conde de Monterrey, otorgó la autorización para la fundación de la Villa de Salamanca el día 6 de Agosto de 1602 en la cual estipula que deberán reunirse los solicitantes para constituir un cabildo formado por cuatro regidores y dos alcaldes pues, desde el día del Año Nuevo de 1603 quedaría fundada la Villa de Salamanca.

De ésta manera, el 1º. De enero de 1603 se reunieron Bartolomé Sánchez Torrado, Diego Beltrán Camacho, Andrés García de Valencia, el Capitán Diego de Vengala, Juan de Cuellar, Baltasar Gonzáles, Diego Fonseca de Oliva, Alonso Rodríguez Manríquez, Luis de Fonseca, Martín García Torrado, Alonso Hernández Romero, Diego Romero, Juan López Ibáñez, Cristóbal de la Cruz Sarabia, Francisco Encal, Jorge Maldonado, Martín Domínguez, Francisco Gómez, Cristóbal de Estrada, Diego Aguado Calderón, Juan de Chavarría, Juan de Abella, Juan Fonseca, Antón Gómez Casilla, Juan de Espinosa Alderete, Martín García de Sosa Domingo Hernández, para elegir a los cuatro primeros regidores, Juan de Cuellar, Baltasar González, Diego Hernández de Oliva y Juan de Chavarría. Los cuales eligieron a dos Alcaldes, Andrés García de Valencia y Bartolomé Sánchez Torrado.

Así quedó declarada la fundación de Salamanca, y electo su primer cabildo formado por cuatro regidores y dos alcaldes ordinarios, y se inició legalmente la vida y existencia de la Villa de Salamanca, ese 1º. De Enero de 1603.

El 26 de Marzo de 1615 en una Casa de Juan de Cuellar y solar de Silvestre Aguirre, Fray Juan de San Nicolás de la Orden de los Agustinos puso una campana y un altar, se revistió para oficiar una misa y al final de ella informó a los feligreses que tomaba posesión para fundar un convento en esta Villa, este convento Agustino fue llamado de "Fray Juan de Saghún".

El Gran convento y la magnífica iglesia que los Agustinos levantaron en Salamanca, llegaron a su plenitud en el siglo XVIII, en realidad esas espléndidas obras arquitectónicas fueron realizadas en dos etapas casi con un siglo de diferencia aproximadamente entre la iniciación de una y otra. Lo grandioso y meritorio del Templo de San Agustín son sus portentosos retablos recubiertos con hoja de oro, que cubren los muros de la nave principal, y los extremos de la nave de cruceros y que son de construcción y riqueza verdaderamente extraordinarios, que además de su valor artístico esencial tienen el de tener características que los señalan como principio de la transición del pleno arte barroco del siglo XVIII.

El 15 de Agosto de 1653, el Duque de Alburquerque Don Francisco Hernández de la Cueva, toma posesión del Virreinato y tras recordar la Real Cédula y las instrucciones del Conde de Monterrey, sobre la "Reducción de los indios a poblaciones" pues eran las mismas autoridades las que estimulaban a los grupos de indios a pedir que se les fundara un pueblo, quizás para poder reglamentar de manera jurídica el orden social que prevalecía en las comunidades indígenas, el caso es que en 1655, inmediato a la Villa de Salamanca, se fundó el pueblo de Santa María Nativitas el 14 de Octubre de 1655. "para hacerles sus casas y sus huertas" " y para celebrar su festividad a los ocho de Septiembre de cada año".

La Villa de Salamanca crecía y naturalmente, substituyó su primitiva parroquia que era de adobe y pequeña, por una construcción importante, suntuosa y de tales pretensiones, que parece haber sobrepasado las posibilidades de aquel entonces y quedó inconclusa en partes secundarias y de ornato. En 1690 quedó concluida pero la gran portada principal es posterior ya que data del siglo XVIII, la que hoy conocemos como la "Parroquia Antigua".

A lo largo del siglo XVII la región del Bajío en la jurisdicción de la Alcaldía de Salamanca, que casi coincide con la del actual municipio, había dejado de ser ganadera y se fue transformando en predominantemente agrícola, aunque también prosiguió la cría de ganado en todas las especies, vacuno, ovejas, cabras y cría de caballos y mulas en la parte cerril y donde quiera que el terreno no convenía para siembras. Como lo describiera el Jesuita Francisco Xavier Clavijero " en Salamanca se cultivaba maíz, chile, Aceitunas y otros frutos" " en el río pescan mucho bagre y se recogen buenas cosechas de vino y aceite".

En el área que hoy ocupa el municipio de Salamanca, existió hace muchos siglos, una cultura que desapareció dejándonos una basta zona arqueológica de la cual muy poco se sabe en nuestros días, solamente cabe decir que sin lugar a dudas fueron muy poderosos por las magníficas construcciones que se localizan formando una media luna en el norte del municipio.

Posteriormente los primeros pobladores del Bajío fueron los Otomíes, asentados transitoria y débilmente y luego rechazados por los Tarascos que ocuparon más o menos hasta la sierra de Codornices y de Guanajuato. Pero sin establecer centros grandes de población al norte del Río Lerma, posiblemente por los siglos X ó XII es decir hace ochocientos o mil años.

A fines del siglo XII ó XIII pasaron por el sur del Bajío los Aztecas, pero sin detenerse en su peregrinar que habría de terminar, como sabemos, en las lagunas el Valle de México.

A Fines del siglo XV y principios del XVI en vísperas de la llegada de los españoles, esta parte del Bajío estaba muy poco poblada por indígenas seminómadas que se mantenían de la caza y de la recolección de frutos silvestres.

Lo que parece más probable es que Xidóo fue poblada por un grupo de indios Otomíes procedentes de Jilotepec o de Tepeji del Río, en época de Cortés. En la campaña que organizó Hernán Cortes, para aislar a la capital del reino, México-Tenochtitlán, entre 1520 y 1521, sus soldados y sus numerosos aliados destruyeron el dominio de los Aztecas en la región de Tula y sus alrededores; entonces, un grupo de Otomíes que habían estado allí sojuzgados por los Aztecas, salieron para otros rumbos aprovechando el desorden de la guerra y antes del sometimiento directo a los españoles. Seguramente un grupo Otomí peregrinó a lo largo del río, hoy Lerma y se asentó en un lugar de su margen derecha y ese fue el pueblo de Xidóo, más o menos en 1521, y que los españoles encontraron ya establecido cuando mucho más tarde, a mediados de siglo, empezaron a ocupar y poblar la región en muy pequeños grupos.

Hacia el año de 1790, un grupo de ciudadanos Salmantinos entre ellos Teodoro Gutiérrez, se reúnen para llevar a cabo la construcción del Santuario de Guadalupe, con estilo neoclásico y algunas capillas como la del barrio de San Pedro.

Muy importante fue el paso de un gran viajero e ilustre sabio, el Barón Alejandro Humboldt, que venía de su largo viaje por América del Sur desembarcó en Acapulco el 22 de Marzo de 1803. En su recorrido hacia las minas de Guanajuato pasó por Salamanca, entre los días seis y dieciséis de Agosto de 1803 y permaneció cierto tiempo haciendo observaciones con sus instrumentos científicos con los que siempre viajaba tomando notas que dejaría en limpio en su valiosísima obra " Ensayo Político sobre la Nueva España" anotando en su tabla de posiciones geográficas que " la longitud por el transporte del tiempo de Salamanca era de 103° 16'0'' la latitud de 20°40' Sin duda se encontrarán leves diferencias a los cálculos más recientes, hechas con aparatos modernos, considerando también que Humbolt calculaba las longitudes sobre el meridiano de París y no sobre el de Greenwich, como hoy se hace. También anotó en sus estudios que la altitud de Salamanca sobre el nivel del mar era de 1,757 metros y en varias ocasiones menciona la admiración que le causó contemplar las tierras de cultivo de Salamanca y Celaya, mencionando las harinas que aquí se fabricaban y los campos de cebada y trigo diciendo " En México los campos más bien cultivados son los llanos que se extienden desde Salamanca, hasta las inmediaciones de Silao, Guanajuato y la Villa de León" y continúa Salamanca, ciudad pequeña pero bonita, situada en un llano que insensiblemente va elevándose por Temazcatío y cuevas hasta Guanajuato".