El General Miramón estuvo en Salamanca, en diversas ocasiones entre los años 1858 y 1867, cuando la Guerra de Reforma y durante el Imperio. En Enero de 1867 estuvo reclutando gente en el Bajío y desde luego en Salamanca, para fortalecer su ejército, 2500 hombres y 14 piezas de artillería y dirigirse a Aguascalientes para llegar a Querétaro.

Maximiliano de Habsburgo, visitó Salamanca en Agosto de 1864.

El Archiduque de Austria Fernando Maximiliano de Habsburgo, Casi inmediato a su llegada para ocupar el trono Mexicano, decidió efectuar un recorrido por el interior del país, llegando a Salamanca el 25 de Agosto de 1864 a la una y media de la tarde, en donde fue recibido por un grupo de niñas con canastitas decoradas de listones, que arrojaban pétalos de rosa a su paso y las calles se encontraban muy adornadas con papel picado, se hospedó en la casa ubicada en las calles de Hidalgo y Zaragoza, domicilio del Sr. Cura Don Luis G. Saavedra. Maximiliano mandó dar cincuenta pesos para que se abrieran ventilas en la cárcel y doscientos pesos para los pobres. A las seis de la mañana del 27 de Agosto, Maximiliano salió rumbo a Irapuato donde enfermó y como era costumbre en ese tiempo, lo curaron con sanguijuelas llevadas de Salamanca, de donde eran mejores. Debido a que el Emperador duró enfermo dos semanas, modificó su itinerario y de Irapuato salió rumbo a Dolores Hidalgo pues quería dar el Grito el día 15 de Septiembre. Así pues, el día 11 de Septiembre a las ocho y media salió rumbo a Cerro Gordo, almorzó en Doña Rosa y sin tocar Salamanca, por el camino de los ranchos, llegaron después del medio día a Cerro Gordo, donde pernoctaron y al día siguiente continuaron hacia Chamacuero, San Miguel y Dolores Hidalgo.

En el Año de 1873, estando en el poder Lerdo de Tejada, se dicta la suspensión de los Jesuitas, que significó la expulsión del País por ser casi todos de origen extranjero. Y los Diputados Guillermo Prieto e Hilarión Frías, promovieron una reforma legal prohibiendo la permanencia en el País de las Hermanas de la Caridad. Y en Octubre se dio a las Leyes de Reforma promulgadas en Veracruz en plena guerra de 1859,categoría de Preceptos constitucionales. Naturalmente, en 1874 empezaron a sublevarse grupos armados en varios lugares de la República Mexicana.

Las autoridades inferiores queriendo mostrarse enérgicas dictaron medidas ofensivas para gran parte de la población.

En la ciudad de Salamanca, se celebraba el 25 de Marzo de 1875, las festividades religiosas concernientes al Jueves Santo, por lo que los fieles devotos, hacían la visita a las siete casas pasando de un templo a otro con la cabeza descubierta y orando, la policía redujo a prisión a varios de ellos por considerarlo una infracción a la ley; el pueblo se amotina; se procede a cerrar los templos, y entonces el motín crece hasta el extremo de que la autoridad juzga prudente volverlos a abrir y no estorbar los actos de los fieles.

Siguiendo las disposiciones de la Constitución del 5 de Febrero de 1857, conforme el artículo 23 " Para la abolición de la pena de muerte, queda a cargo del poder administrativo establecer con la mayor brevedad, el régimen penitenciario".

En el año de 1867 el edificio del Convento Agustino es convertido en prisión Estatal. Par alo cual se estudiaron los sistemas penitenciarios de diversas partes del mundo tomando de cada uno lo que las autoridades consideraron conveniente en ese momento, de Austria, la centralización de la autoridad en el gobernador del Estado, de Estados Unidos, el aislamiento, el silencio, trabajo y castigos, de Suiza, la reducción de pena mediante buena conducta, de Irlanda los castigos morales y físicos de Bélgica, parte de sus ganancias en dinero cuando dejan la prisión, de Italia, se establecieron distintivos de conducta para cada persona, y clase o dormitorio que ocupan, calificando de buena, mala, regular o sobresaliente.

A los quince años de su iniciación la Penitenciaría del Estado, se encontraba en pleno funcionamiento. Pare el aprendizaje y trabajo de los presos, había talleres con equipo, y maestros de; Carpintería, herrería, talabartería, tenería, velería, jabonería, panadería, hojalatería, sastrería, zapatería, tejidos de algodón y lana, de tejido de palma y otras fibras vegetales para hacer petates y otros objetos, una pequeña fábrica de fideos, fabrica de ladrillos, talleres de galvanoplastía, imprenta y encuadernación, equipo y taller de fotografía, que entonces implicaba la enseñanza de técnicas desde la preparación de placas en vidrio para los negativos.

Había desde luego escuelas de primeras letras, pues aproximadamente un 85 por ciento de los presos llegaban sin saber leer ni escribir, había también clases de dibujo y de música, y hacia 1884 una buena orquesta de 25 ejecutantes, años después hubo también una banda de música.

El estado de salubridad era bueno, cuidándose especialmente con el aseo riguroso que se exigía de los detenidos, se contaba con un hospital adecuado y una botica muy bien surtida y naturalmente, servicio de médicos.

El uniforme de los presos era pantalón y camisa de dril gris y cada uno llevaba un distintivo cuyo color correspondía a la clase de conducta que observaba.

Todos los presos eran asignados a una sección de trabajo y de todos los productos que elaboraban en los talleres, una parte de su valor correspondía a quien lo fabricaba y de esa parte, la mitad tenía la obligación de depositarla en una Caja de Ahorros.

Cuando el preso cumplía su condena, salía siempre sabiendo leer y escribir, conociendo por lo menos dos oficios y se le entregaba el dinero que había depositado en la caja de ahorros.

Este sistema penitenciario era "Honra de Guanajuato, por ser el primer estado que implantó éste sistema".

En 1884, había en la Penitenciaría 424 reclusos, un cuerpo de resguardo armado y algunos empleados civiles, bajo la autoridad de un Director que dependía directamente del Gobernador del Estado.

El Exconvento Agustino dejó de ser penitenciaría en el año de 1911.